Presidente:
Márcio Augusto Freitas de Meira
I - órgãos de assistência direta e imediata ao Presidente da Funai
Chefia de Gabinete do Presidente
Coordenação Geral de Assuntos Externos
Coordenação Geral de Defesa dos Direitos Indígenas
Coordenação Geral de Projetos Especiais
Coordenação Geral de Estudos e Pesquisas
Auditoria
Conselho Fiscal
Conselho Indigenista
Procuradoria Jurídica
II - diretorias
Diretoria de Assistência
Coordenação Geral de Artesanato
Coordenação Geral de Desenvolvimento Comunitário
Coordenação da Mulher Indígena
Coordenação Geral de Educação
Coordenação Geral de Povos Indígenas Recém Contatados
Coordenação Financeira
Coordenação de Contabilidade
Coordenação de Modernização de Administrativa
Coordenação Geral de Índios Isolados
Coordenação Geral de Patrimônio Indígena e Meio Ambiente
Coordenação de Patrimônio Indígena
Administrações Executivas Regionais
Diretoria de Administração
Coordenação Geral de Administração
Coordenação Geral de Pessoal
Coordenação Geral de Legislação de Pessoal
Coordenação de Treinamento e Desenvolvimento
Coordenação de Transporte Aéreo
Coordenação Geral de Documentação e Tecnologia da Informação
Coordenação
de Tecnologia da Informação
Coordenação Geral de Planejamento
Diretoria de Assuntos Fundiários
Coordenação Geral de Demarcação
Coordenação Geral de Assuntos Fundiários
Coordenação Geral de Identificação e Delimitação
Coordenação Geral de Demarcação e Proteção às Terras Indígenas