Presidente: Márcio Augusto Freitas de Meira
     
I - órgãos de assistência direta e imediata ao Presidente da Funai
  Chefia de Gabinete do Presidente
    Coordenação Geral de Assuntos Externos
    Coordenação Geral de Defesa dos Direitos Indígenas
    Coordenação Geral de Projetos Especiais
    Coordenação Geral de Estudos e Pesquisas
    Auditoria
    Conselho Fiscal
    Conselho Indigenista
  Procuradoria Jurídica
     
II - diretorias
  Diretoria de Assistência
    Coordenação Geral de Artesanato
    Coordenação Geral de Desenvolvimento Comunitário
    Coordenação da Mulher Indígena
    Coordenação Geral de Educação
    Coordenação Geral de Povos Indígenas Recém Contatados
    Coordenação Financeira
    Coordenação de Contabilidade
    Coordenação de Modernização de Administrativa
    Coordenação Geral de Índios Isolados
    Coordenação Geral de Patrimônio Indígena e Meio Ambiente
    Coordenação de Patrimônio Indígena
    Administrações Executivas Regionais
  Diretoria de Administração
    Coordenação Geral de Administração
    Coordenação Geral de Pessoal
    Coordenação Geral de Legislação de Pessoal
    Coordenação de Treinamento e Desenvolvimento
    Coordenação de Transporte Aéreo
    Coordenação Geral de Documentação e Tecnologia da Informação
    Coordenação de Tecnologia da Informação
    Coordenação Geral de Planejamento
  Diretoria de Assuntos Fundiários
    Coordenação Geral de Demarcação
    Coordenação Geral de Assuntos Fundiários
    Coordenação Geral de Identificação e Delimitação
    Coordenação Geral de Demarcação e Proteção às Terras Indígenas