O Departamento Fundiário, vinculado à Diretoria de Assuntos Fundiários da FUNAI, atua no sentido de promover a regularização das terras indígenas por meio de seus respectivos registros cartoriais e da remoção de ocupantes não-índios, visando garantir os direitos dos índios à posse e usufruto das mesmas. Para tal o departamento prepara e encaminha a documentação das terras indígenas demarcadas para expedição, pelo Presidente da República, de decreto de homologação, o qual é levado a registros junto aos Cartórios de Registros de Imóveis das comarcas pertinentes e à Secretaria de Patrimônio da União. Também é responsável pela realização dos levantamentos fundiário, sócio-econômico, documental e cartorial em terras indígenas para posterior indenização de benfeitorias realizadas de boa-fé, intercedendo, junto ao órgão fundiário, para o reassentamento desses ocupantes.

O levantamento fundiário realizado pelos técnicos da FUNAI e pelos técnicos do órgão fundiário federal e/ou estadual, devidamente habilitados, caracteriza-se como parte de um processo que tem como finalidade precípua a regularização das terras indígenas com a retirada de todos os ocupantes nelas incidentes. Essa atividade encontra-se em conformidade com o Decreto nº 1775, de 08 de janeiro de 1996, a Portaria nº 14/MJ, de 09 de janeiro de 1996 e Lei nº 6001, de 19 de dezembro de 1973.

A situação ocupacional em terras indígenas por não-índios está definida na Constituição Federal, em seu Art. 231, § 6º: "São nulos e extintos, não produzindo efeitos jurídicos, os atos que tenham por objeto a ocupação, o domínio e a posse das terras a que se refere este artigo, ou a exploração das riquezas naturais do solo, dos rios e dos lagos nelas existentes, ressalvado relevante interesse público da União, segundo o que dispuser lei complementar, não gerando a nulidade e a extinção do direito à indenização ou a ações contra a União, salvo, na forma da lei, quanto às benfeitorias derivadas da ocupação de boa-fé".

Fica assim declarada a nulidade e extinção dos atos que objetivem o domínio (registro cartorial, escrituras ou títulos), a posse, a exemplo de contratos ou acordos entre membros da comunidade e terceiros, ou a ocupação através da utilização dos recursos naturais em terras tradicionalmente pertencentes aos índios.

A indenização aos ocupantes não-índios restringe-se exclusivamente às benfeitorias derivadas da ocupação de boa-fé, na forma de lei.

Por esse motivo, a caracterização da boa-fé se dará a partir dos dados contidos nos laudos de vistoria, sócio-econômico e avaliação de benfeitorias. Estes dados servirão de elementos importantes junto com a apresentação de um histórico sobre em que condições e contexto a(s) ocupação(ões) ocorreu (eram) na terra indígena, bem como a existência de títulos aquisitivos das ocupações e a ocorrência ou não de litígios entre o interessado e a comunidade indígena. Desta forma, poderão ser oferecidos subsídios à Comissão Permanente de Sindicância, constituída por sete membros designados pela portaria do presidente da FUNAI nº 069, de 24 de janeiro de 1989, no intuito de caracterizar e julgar a boa-fé ou não na implantação das benfeitorias.

Após as análises realizadas pela referida comissão, o assunto é levado à apreciação da Procuradoria Geral e da Presidência da Fundação. Caso aprovadas, e havendo recursos disponíveis, constitui-se uma equipe técnica com a finalidade de realizar os pagamentos indenizatórios das benfeitorias derivadas de ocupação de boa-fé, cujos valores foram definidos através do levantamento fundiário. Essa comissão pagadora divulga pelos meios de comunicação da região onde estão localizados os ocupantes não-índios, a convocação desses, estabelecendo-se a data para o recebimento da indenização. Para os ocupantes não-índios detentores de domínio que foram constatados na ocasião do levantamento fundiário, no momento das indenizações das benfeitorias, são elaboradas escrituras públicas de reconhecimento de domínio em favor da União Federal e o conseqüente registro na comarca da jurisdição.

A implementação das ações do Departamento Fundiário ocorre por meio da execução de seu planejamento determinado através da análise referente às terras indígenas pendentes de indenizações por benfeitorias. De posse dessas informações, organiza-se a relação das terras indígenas cujos processos demarcatórios e registros já foram concluídos, necessitando-se, no entanto, executar a retirada dos ocupantes não-índios. Outro critério considerado para determinar as prioridades no processo de regularização relaciona-se à questão envolvendo conflitos entre índios e moradores não-índios pela posse das terras, principalmente, aquelas que apresentam situações de conflitos resultantes em mortes, ferimentos e danos materiais.