Seu objetivo é acolher e promover a apuração e avaliação de denúncias relativas a agressão aos direitos e interesses dos índios e suas comunidades, ou seja, uma Coordenação para atuar na defesa dos direitos humanos dos povos indígenas.

Ao atuar como uma Ouvidoria Indígena, a CGDDI tem buscado a conscientização dos Povos Indígenas sobre seus direitos, mas também sobre seus deveres, como o fortalecimento cultural, a proteção do meio ambiente e o crescimento econômico, diante da dura realidade de que a caça e pesca começam a fazer parte de uma tradição violentada pelos novos sistemas de alimentação e conduta trazida pela colonização em ritmo crescente e veloz, diferentes dos costumes de cada aldeia.

Além do atendimento imediato às denúncias contra os direitos humanos dos povos indígenas, desenvolve um trabalho voltado para os princípios da conscientização da sociedade não indígena, sobre a realidade da pessoa indígena e suas comunidades, visando contribuir para a superação dos preconceitos ou discriminações existentes. Para tanto, foram realizados diversos seminários onde os membros da CGDDI, todo indígenas, tiveram participação ativa na elaboração desses trabalhos, tanto na atuação desenvolvida como palestrantes e conferencistas, como no campo nacional ou internacional, junto as Universidades, entidades de classe, Congresso Nacional e Ministério Público.

A Coordenação foi também responsável pela realização, durante o ano de 2000, de oito Fóruns Regionais de Direitos Indígenas, onde o tema principal foi o Projeto de Lei sobre o Estatuto dos Povos Indígenas que tramita no Congresso Nacional, sob a relatoria do Deputado Federal Luciano Pizzatto, do PFL Paranaense.

É importante assinalar que a CGDDI articula-se também com outros setores governamentais para atingir os objetivos propostos. Por exemplo: quando da elaboração e realização dos Jogos dos Povos Indígenas, com a participação de quase 900 guerreiros, homens e mulheres, numa demonstração da força nativa, perante um público diário de quase 3.500 pessoas. Para isso houve uma atividade compartilhada com o Ministério dos Esportes e Governo do Estado do Pará e, mais recentemente, com a realização da Conferência Mundial contra o Racismo, Xenofobia e todas as formas de preconceito proposta pela ONU, programada para a África do Sul, em Agosto do corrente ano. A CGDDI, mais uma vez foi acionada para formular propostas nesse sentido junto com a Secretaria Nacional dos Direitos Humanos e a Fundação Cultural Palmares. Tratam-se de parceria e ações cuja estratégia é criar mecanismos mais amplos na defesa dos interesses indígenas.

A Coordenação tem ainda procurado estar atenta ao cresce debate sobre capacitação educacional dos indígenas, discutindo alternativas e apoiando propostas que tenham como finalidade a autonomia dos povos indígenas. Está ingressando em níveis "dantes nunca navegados", como a oferta de cursos no Ensino Superior destinados a formar professores indígenas, a exemplo do que está ocorrendo no estado do Mato Grosso. Trata-se de romper com um conceito criado pelo pensamento colonizador e paternalista, de que para ser índio não se deveria ter acesso ao mundo do homem branco, pois havia o risco da destruição cultural. Por isso, em 1977, quando da criação do primeiro movimento indígena no Brasil, foi cunhada a frase que se mantém atual nesse início de século, base também das ações indígena da CGDDI: POSSO SER O QUE VOCÊ É, SEM DEIXAR DE SER QUEM SOU!