O Regimento Interno da Fundação Nacional do Índio - FUNAI, instituído pela Portaria nº 542, de 21 de dezembro de 1993, determina que a Coordenação Geral de Projetos Especiais-CGPE tem a competência de coordenar e controlar a execução de projetos de caráter extraordinário e circunstancial, em áreas indígenas especificas, que passam à responsabilidade da Administração Central. Na atual estrutura dessa Fundação, a Coordenadoria Geral de Projetos Especiais-CGPE está ligada à Presidência, dá assistência direta e imediata ao Presidente e atua também em negociações, buscando novos programas para beneficiar as comunidades indígenas.

Atualmente, a CGPE, junto com outros departamentos, está participando das discussões do Programa BID-Pantanal, que irá trazer benefícios para algumas Comunidades Indígenas dos estados de Mato Grosso e de Mato Grosso do Sul.

Além da discussão envolvendo o Programa BID-Pantanal, a CGPE vem atuando em grupos de trabalho interministeriais, sendo, também, o representante da FUNAI no Fundo para o Desenvolvimento dos Povos Indígenas da América Latina e do Caribe.