Integram a Fundação Nacional do Índio – FUNAI os seguintes órgãos:

     I - de assistência direta e imediata ao Presidente
     Gabinete - GABPR
     II - órgãos seccionais
     a) Procuradoria Federal Especializada - PFE
     b) Auditoria Interna - AUDIN
     c) Corregedoria - CORREG
     d) Ouvidoria - OUVI; e
     e) Diretoria de Administração e Gestão - DAGES:
         - Coordenação-Geral de Gestão Estratégica - CGGE
         - Coordenação-Geral de Orçamento, Contabilidade e Finanças - CGOF
         - Coordenação-Geral de Recursos Logísticos - CGRL
         - Coordenação-Geral de Gestão de Pessoas - CGGP
     III - órgãos específicos singulares
     a) Diretoria de Promoção ao Desenvolvimento Sustentável - DPDS:
         - Coordenação-Geral de Gestão Ambiental - CGGAM
         - Coordenação-Geral de Educação - CGE
         - Coordenação-Geral de Promoção ao Etnodesenvolvimento - CGETNO
         - Coordenação-Geral de Promoção dos Direitos Sociais - CGPDS
     b) Diretoria de Proteção Territorial - DPT:
         - Coordenação-Geral de Assuntos Fundiários - CGAF
         - Coordenação-Geral de Geoprocessamento - CGEO
         - Coordenação-Geral de Identificação e Delimitação - CGID
         - Coordenação-Geral de Monitoramento Territorial - CGMT
         - Coordenação-Geral de Índios Isolados e Recém Contatados - CGIIRC
     IV - órgãos colegiados
     a) Diretoria Colegiada
     b) Comitês Regionais; e
     c) Conselho Fiscal
     V - órgãos descentralizados
     Coordenações Regionais - CR; e
     VI - órgão científico-cultural
     Museu do Índio - MI