A Funai está realizando uma reestruturação administrativa, visando maior eficiência no atendimento aos povos indígenas em todo o país. Por meio do Decreto edição nº 76 de 20 de abril de 2007, foi instituído o Comitê Gestor de Ação Indigenista Integrada para a Região da Grande Dourados, no Estado do Mato Groso do Sul, como instância de coordenação, articulação, avaliação e monitoramento das ações de competência da União, nas Aldeias indígenas Guarani Kaiowá e Guarani Ñandéva.

O Comitê Gestor é composto por um representante de cada órgão e entidades a seguir indicados. Ministério do Desenvolvimento Social e Combate à Fome, que o coordenará; Casa Civil da Presidência da República; além dos Ministérios do Desenvolvimento Agrário, da Ciência e Tecnologia, da Educação, da Cultura, do Esporte e das Cidades. Também participam a Secretaria Especial dos Direitos Humanos da Presidência da República e a Secretaria Nacional de Segurança Pública do Ministério da Justiça; além da Fundação Nacional do Índio – FUNAI; Fundação Nacional de Saúde – FUNASA; Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis – IBAMA; e Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária – EMBRAPA.

A portaria nº 352, de 07 de maio de 2007, transforma o Núcleo de Apoio Local de Dourados, em Administração Executiva Regional do Cone Sul do Mato Grosso do Sul, com sede em Dourados, e cuja administração foi designada ao servidor Eliezer Cardoso Louzado Cruz. Assim, a Administração Regional de Amambai passa a operar como Núcleo de Apoio Operacional de Amambai, subordinado à Administração do Cone sul, conforme a portaria de nº 353 de 07 de maio de 2007.