A Funai está realizando uma reestruturação administrativa, para qualificar o atendimento aos povos indígenas em todo o país. Uma das alterações foi a implantação da Administração Executiva Regional do Cone Sul do Estado do Mato Grosso do Sul, com sede em Dourados/MS. Com esta medida, a Administração Regional de Amambai/MS passa a operar como Núcleo de Apoio Operacional, que estará subordinado à nova administração.

A Funai decidiu realizar esta mudança para aumentar a capacidade de gestão administrativa da região do Cone Sul, que abrange a fronteira do Brasil com o país vizinho Paraguai. A Funai vai garantir a estrutura necessária para o atendimento dos povos Guarani Kaiowá e Guarani Ñandéva, que serão assistidos pelo novo núcleo de Amambai.